Κύριος στόχος της Ελληνικής Εταιρείας Φαρμακοχημείας (Ε.Ε.Φ) είναι να προάγει την πρόοδο της Φαρμακοχημείας, στην Ελλάδα και σε διεθνές επίπεδο.

«Η Φαρμακοχημεία είναι μία ειδικότητα που βασίζεται στην Χημεία και περιέχει στοιχεία από την Βιολογία, τις Ιατρικές και τις Φαρμακευτικές επιστήμες. Ασχολείται με τον σχεδιασμό, την ανακάλυψη, τη σύνθεση και την ταυτοποίηση βιολογικά δραστικών ενώσεων, την κατανόηση  του μηχανισμού  δράσης τους σε μοριακό επίπεδο, την εύρεση σχέσεων δομής-δράσης καθώς και  την μελέτη του μεταβολισμού τους» [Eur. J. Med. Chem., 31, 747 (1996)].

Παράλληλα, η σύγχρονη  Φαρμακοχημεία συμβαδίζει  με τη Χημική Βιολογία, που ορίζεται ως «η χρήση της χημείας για την προαγωγή της  κατανόησης της Βιολογίας σε μοριακό επίπεδο» και ως «η αξιοποίηση της βιολογίας για την προαγωγή της χημείας» [Drug Discov. Today, 15, 260 (2010)].

Για την επίτευξη των παραπάνω στόχων η Ελληνική Εταιρεία Φαρμακοχημείας διοργανώνει συνέδρια,  επιστημονικές  συναντήσεις και σχολεία για την ανταλλαγή ιδεών και πληροφοριών, προσφέρει υποτροφίες σε νέους επιστήμονες για συμμετοχή σε συνέδρια, ενώ προάγει τον επιστημονικό διάλογο μεταξύ της επιστήμης της Φαρμακοχημείας και της Χημικής Βιολογίας.